Change the Physical Path of an app in IIS. Com APPCMD você pode adicionar, modificar, e exclua diretórios virtuais e aplicativos virtuais.
Para alterar o caminho físico de um aplicativo virtual:
appcmd.exe set app "Default Web Site/app" -[path='/'].caminho físico:C:\caminho
Onde:
aplicativo é o nome do seu aplicativo;
caminho para o aplicativo é o local onde seu aplicativo está localizado. Caso haja espaços no nome do aplicativo, ou estrutura de diretório, usar aspas.
appcmd.exe set app "Default Web Site/App" -[path='/'].caminho físico:"C:\inetpub\wwwroot\Web App"